Simmons dödar en i teamet och jakten är snart i full gång. Finch och de andra försöker hindra Reese från att döda den ohederliga polisen som är på flykt, men inser snart att han inte är den ende som vill se Simmons död.
Carter och Reese försöker lämna över bossen för den kriminella organisationen HR till FBI, men organisationen gör allt för att stoppa dem. Finch försöker samla trupperna för att hjälpa dem och tvingas vända sig till en osannolik allierad som kräver ett högt pris för sin hjälp.
Maskinen ger Finch trettioåtta nummer och han inser att någon planerar att få igång ett krig med den ryska maffian. Samtidigt fortsätter Carter sin egen utredning och minns sitt förflutna med sin ex-make.
Maskinen tar fram en bedragare som påstår sig vara hypnosterapeut men som använder informationen han kommer över för att komma åt sina patienters bankkonton. Men en av patienterna visar sig vara en mycket farlig person som man inte ska lura.
Gruppens nya nummer är en 10-årig invandrarflicka som har snubblat på en stor drogtillverkningsoperation. Sam flyr med flickan men tappar bort henne och måste till varje pris få tag på henne innan det är för sent.
Teamets nya nummer är en New York-advokat som blir arresterad för mordet på sin make som försvann till havs. Advokaten rymmer från fängelset och teamet tar upp jakten och försöker avgöra om hon är offer eller förövare.
Det nya numret är en rik ung affärsman som förföljer kvinnor, och kanske kan kopplas till en död kvinna. Teamet försöker locka honom att göra ett drag. Samtidigt planerar Root att fly från institutionen.
Reese och Root får båda tillgång till Maskinen för att omintetgöra Decima. Men Root tillfångatar Finch som en del i sin plan att hitta Maskinen och släppa den fri. Under tiden försöker Carter hitta Cals mördare, och Finch drar sig till minnes vad som hände hans partner, Nathan Ingram.
Efter tio dagars tystnad på grund av Decimaviruset tar Maskinen fram en VD för ett elektronikföretag, och Finch och Reese upptäcker snart att maskinen är engagerad i ett sista desperat försök att rädda sig själv.